As contas do Sistema S estão na mira da equipe econômica do presidente eleito Jair Bolsonaro e podem se transformar num embate do novo governo com o patronato brasileiro. O futuro ministro da Economia, Paulo Guedes, pretende mexer em supostos "desvios de finalidade" dos serviços sociais autônomos. A avaliação é de que falta transparência e existe grande desperdício de recursos por entidades como o Sesi e o Senac - principalmente na região Nordeste. Patrocínios para eventos culturais do Sesc também são alvo de críticas. As informações são do Valor Econômico.
Uma fonte ligada à campanha do presidente eleito diz que "o ponto focal é colocar o Sistema S prestando contas" à União e "trazê-lo para a moderna governança corporativa". Dois aspectos incomodam o novo governo: a arrecadação e a fiscalização de verbas. Sesi e Senai (indústria), Sesc e Senac (comércio), Sest e Senat (transportes), Senar (agronegócio), Sebrae (micro e pequenas empresas) e Sescoop (cooperativas) fazem parte do chamado Sistema S, pessoas jurídicas de direito privado que atuam em cooperação com o Estado e recebem cerca de R$ 20 bilhões por ano.
A arrecadação tem como base o recolhimento compulsório de 0,2% a 2,5% sobre a folha de pagamento das empresas aos empregados. Um fenômeno recente tem sido o crescimento da arrecadação direta, que não é feita pela Receita Federal, mas cobrada diretamente por Senai e Sesi de seus filiados na indústria. Esse montante supera R$ 4 bilhões do recolhimento total e suscita controvérsias do ponto de vista jurídico. No caso da fiscalização, as entidades do Sistema S estão submetidas a auditorias da Corregedoria-Geral da União (CGU) e do Tribunal de Contas da União (TCU), mas os próprios órgãos de controle já apontaram lacunas, como deficiências nas demonstrações contábeis das entidades.